Да, отказ налоговой инспекции в таком случае правомерен. Рассмотрим подробно, на каком основании налоговый орган может отказать в регистрации из-за отсутствия в форме email.
Для того чтобы зарегистрировать ООО, надо направить в налоговый орган заявление по форме Р11001 с приложением необходимых документов. Заявление может быть подано:
- непосредственно в налоговую инспекцию или через МФЦ (лично заявителем или представителем на основании нотариально удостоверенной доверенности);
- почтовым отправлением с объявленной ценностью при его пересылке с описью вложения;
- в форме электронных документов, подписанных усиленной квалифицированной электронной подписью.
В подпункте 4.6.2. формы Р11001 предусмотрено указание адреса электронной почты создаваемой организации.

Порядок заполнения этой формы описан в Приказе ФНС России от 25.01.2012 N ММВ‑7–6/25@. В пункте 2.20.4 этого приказа указано, что подпункт 4.6.2 заполняется в случае направления в ИФНС документов в электронном виде. Поэтому можно решить, что если документы на регистрацию ООО подаются лично или отправляются по почте, то указывать email необязательно. Однако закон «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» от 08.08.2001 N 129-ФЗ говорит об обратном.
В октябре 2017 года в указанный закон были внесены изменения, и теперь документы о регистрации ООО должны направляться заявителю в форме электронных документов, подписанных ЭЦП, по адресу электронной почты, включенному в ЕГРЮЛ или указанному в форме Р11001 (п. 3 ст.11 129-ФЗ). Так как общество только создается, то в ЕГРЮЛ нет записи о его электронной почте, поэтому такой адрес должен обязательно быть указан в форме Р11001.
На практике еще не все регистрирующие инспекции направляют документы о регистрации по email, однако, инспектор может принять решение об отказе в регистрации, если он не указан в форме. Таким образом, сейчас при регистрации ООО всегда необходимо указывать email в заявлении Р11001.